FoundationOne Liquid

FoundationOneLiqud - тест на основе метода жидкостной биопсии, представляющий собой неинвазивный метод выявления мутаций, ассоциированных с развитием опухоли, в образце крови пациента.

Информация о молекулярном профиле опухоли пациента, полученная с помощью жидкостной биопсии, может быть полезна врачу при оценке прогноза развития заболевания и составлении индивидуального плана лечения пациента, а также для оценки молекулярных изменений, происходящих в опухоли в ходе лечения, и эффективности проводимой противоопухолевой терапии.

Примером могут служить мутации в гене EGFR при немелкоклеточным раком легкого (НМРЛ), ассоциированные с ответом на таргетные препараты – ингибиторы тирозинкиназы EGFR (гефитиниб, эрлотиниб, афатиниб, осимертиниб), либо мутации в 600 кодоне гена BRAF (V600) у больных меланомой и НМРЛ, наличие которых делает опухоль чувствительной к ингибиторам BRAF (вемурафениб, дабрафениб) и MEK1/2 (траметиниб, кобиметиниб). Наличие мутации BRAF V600 влияет также на выбор терапии для пациентов с раком толстой кишки (РТК): таким пациентам не рекомендовано назначение ингибиторов EGFR (панитумумаба или цетуксимаба), поскольку вероятность ответа опухоли на терапию у них значительно снижена.

В исследование включены все основные гены, поиск соматических мутаций в которых может быть целесообразен согласно самым современным зарубежным рекомендациям по лечению солидных опухолей. Кроме того, в тест входят также гены, не включенные в официальные рекомендации, мутации в которых тем не менее могут быть ассоциированы с прогнозом или ответом на терапию, а также могут отражать ход эволюции опухоли и тем самым быть полезными для мониторинга заболевания.

Диагностика с использованием жидкостной биопсии может быть рекомендована следующим группам пациентов:

• Пациентам с диагностированным раком как перед назначением терапии, так и в процессе лечения для оценки эффективности терапии.
• Пациентам, находящимся в стадии клинической ремиссии, с целью ранней диагностики прогрессирования заболевания.
• Пациентам после удаления опухоли с целью раннего выявления возможного рецидива.

Преимущества жидкостной биопсии:

• Для проведения теста не требуется оперативное вмешательство.
• В отличие от стандартных методов инвазивной диагностики, исследования с помощью жидкостной биопсии можно проводить с той частотой, которая необходима для эффективного мониторинга пациента.

Тест обладает высокой чувствительностью и специфичностью, позволяя детектировать мутантные аллели при их содержании в образце вплоть до 0,5-1%.

Список генов, для которых проводится исследование однонуклеотидных замен (SNP), небольших инсерций и делеций, крупных амплификации и делеции (CNV):

ABL1 [Exons 4-9], ACVR1B, AKT1 [Exon 3],AKT2, AKT3, ALK [Exons 20-29, Introns18,19], ALOX12B, AMER1(FAM123B), APC, AR, ARAF[Exons 4,5,7,11,13,15,16], ARFRP1, ARID1A, ASXL1, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXL, BAP1, BARD1, BCL2, BCL2L1, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR*{Introns 8,13,14}, BRAF[Exons 11-18, Introns 7-10], BRCA1{Introns 2, 7, 8, 12, 16,19, 20}, BRCA2 {Intron 2}, BRD4, BRIP1, BTG1, BTG2, BTK [Exons 2,15], C11orf30 (EMSY), C17orf39 (GID4), CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD22, CD70, CD74*{Introns 6-8}, CD79A, CD79B, CD274 (PD- L1), CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CHEK1, CHEK2, CIC, CREBBP, CRKL, CSF1R, CSF3R, CTCF, CTNNA1, CTNNB1[Exon 3], CUL3, CUL4A, CXCR4, CYP17A1, DAXX, DDR1, DDR2 [Exons 5,17,18], DIS3, DNMT3A, DOT1L, EED, EGFR[Introns 7,15,24-27], EP300, EPHA3, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3[Exons 3,6,7,8,10,12,20,21,23,24,25], ERBB4, ERCC4, ERG, ERRFI1, ESR1 [Exons 4-8], ETV4* {Intron 8}, ETV5*{Introns 6, 7}, ETV6*{Introns 5,6}, EWSR1*{Introns 7-13}, EZH2 [Exons 4,16,17,18], EZR* {Introns 9-11}, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCG, FANCL, FAS, FBXW7, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF23, FGF3, FGF4, FGF6, FGFR1[Introns 1, 5,Intron 17], FGFR2[Intron 1,Intron 17], FGFR3[Exons 7, 9 (alternative designation exon 10), 14,18, Intron 17], FGFR4, FH, FLCN, FLT1, FLT3 [Exons 14,15,20], FOXL2, FUBP1, GABRA6, GATA3, GATA4, GATA6, GNA11[Exons 4,5], GNA13, GNAQ [Exons 4,5], GNAS [Exons 1,8], GRM3, GSK3B, H3F3A, HDAC1, HGF, HNF1A, HRAS [Exons 2,3], HSD3B1, ID3, IDH1 [Exon 4], IDH2 [Exon 4], IGF1R, IKBKE, IKZF1, INPP4B, IRF2, IRF4, IRS2, JAK1, JAK2 [Exon 14], JAK3 [Exons 5,11,12,13,15,16], JUN, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIT [Exons 8,9,11,12,13,17,Intron 16], KLHL6, KMT2A (MLL)[Introns 6, 8-11,Intron 7], KMT2D (MLL2), KRAS, LTK, LYN, MAF, MAP2K1(MEK1) [Exons 2,3], MAP2K2(MEK2) [Exons 2-4,6,7], MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAPK1, MCL1, MDM2, MDM4, MED12,MEF2B, MEN1, MERTK, MET, MITF, MKNK1, MLH1, MPL [Exon 10], MRE11A, MSH2 {Intron 5}, MSH3, MSH6, MST1R, MTAP, MTOR [Exons 19,30,39,40,43-45,47,48,53,56], MUTYH, MYB* {Intron 14}, MYC [Intron 1], MYCL (MYCL1), MYCN, MYD88 [Exon 4], NBN, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NOTCH1, NOTCH2{Intron 26}, NOTCH3, NPM1 [Exons 4-6,8,10], NRAS [Exons 2,3], NSD3 (WHSC1L1), NT5C2, NTRK1 [Exons 14,15, Introns8-11], NTRK2 {Intron 12}, NTRK3 [Exons 16,17], NUTM1*{Intron 1}, P2RY8, PALB2, PARK2, PARP1, PARP2, PARP3, PAX5, PBRM1,PDCD1 (PD-1), PDCD1LG2 (PD-L2), PDGFRA[Exons 12,18,Introns 7, 9,11], PDGFRB[Exons 12-21,23], PDK1, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3CA[Exons 2,3,5-8,10,14,19,21(Coding Exons 1, 2, 4-7, 9,13,18,20)], PIK3CB, PIK3R1, PIM1, PMS2, POLD1, POLE, PPARG, PPP2R1A, PPP2R2A, PRDM1, PRKAR1A, PRKCI, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRO, QKI, RAC1, RAD21, RAD51, RAD51B, RAD51B, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1 [Exons 3,4,6,7,10,14,15,17, Introns 4-8], RARA {Intron 2}, RB1, RBM10, REL, RET [Introns 7,8, Exons11,13-16,Introns 9-11], RICTOR, RNF43, ROS1 [Exons 31,36-38,40,Introns 31-35], RPTOR, RSPO2*{Intron 1}, SDC4* {Intron 2}, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, SETD2, SF3B1, SGK1, SLC34A2*{Intron 4}, SMAD2, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SRC, STAG2, STAT3, STK11, SUFU, SYK, TBX3, TEK, TERC*{ncRNA}, TERT*{Promoter}, TET2, TGFBR2, TIPARP, TMPRSS2*{Introns 1-3}, TNFAIP3, TNFRSF14, TP53, TSC1, TSC2, TYRO3, U2AF1, VEGFA, VHL, WHSC1, WT1, XPO1, XRCC2, ZNF217, ZNF703.

В исследование также включено определение уровня микросателлитной настабильности (MSI)

Исследование выполняется в лаборатории Foundation Medicine – лаборатории компаний Foundation Medicine Inc. (США)/Foundation Medicine Germany GmbH (Германия)