Мониторинг минимальной остаточной болезни. Signatera (изготовление тест-системы + анализ плазмы крови)
Signatera - это первый и единственный тест для молекулярного мониторинга минимальной остаточной болезни, основанный на оценке уровня свободноциркулирующей опухолевой ДНК.
Определение минимальной остаточной болезни (МОБ) и раннего прогрессирования солидных опухолей достаточно сложная задача для традиционных методов исследования, таких как определение сывороточных онкомаркеров или современных методов визуализации (ПЭТ, МРТ).
SignateraTM (RUO) - это первый анализ свободноциркулирующей ДНК (сцДНК), предназначенный для мониторинга лечения и оценки МОБ, с возможностью обнаружения соматических мутаций в плазме крови при частоте мутантного аллеля < 0.01%.
Рутинные методы обнаружения сцДНК обычно включают анализ частых мутаций в генах, ассоциированных с терапией и прогнозом заболевания. Обычно исследования даже в рамках панелей генов обнаруживают лишь одну или две драйверные мутации в сцДНК. Кроме того, предел обнаружения мутантного аллеля обычно не выше 0.1%. В основе исследования Signatera лежит полное секвенирование экзома первичной опухоли и образца крови. На основе 16 уникальных соматических мутаций изготавливается персональная тест-система, позволяющая обнаруживать эти мутации в цоДНК в плазме.
Основные этапы исследования:
1 этап
Полное секвенирование экзома опухоли и соответствующего образца венозной крови. Анализ данных, диагностика соматических мутаций в опухоли.
2 этап
Выбор 16 клональных соматических мутаций и изготовление индивидуального мультиплексного ПЦР-праймера.
3 этап
Забор венозной крови для проведения жидкостной биопсии.
4 этап
Выделение и подготовка бибилиотек сцДНК с последующей 16-плексной ПЦР.
5 этап
После мультиплексной ПЦР-амплификации выполняется сверхглубокое секвенирование, со средней глубиной 100 000х. Анализ данных с целью обнаружения свободноциркулирущей опухолевой ДНК.
Чувствительность и специфичность исследования Signatera зависит от количества мутантного аллеля в образце плазмы и составляет 67% и 99,9% соответственно, при доле мутантного аллеля 0.03%. Чувствительность достигает 100% при доле мутантного аллеля 0.05%.
Исследование Signatera валидировано и может быть рекомендовано пациентам с 4 типами злокачественных новообразований: немелкоклеточный рак легкого, мышечно-инвазивный рак мочевого пузыря, колоректальный рак, рак молочной железы.
Исследование выполняется в лаборатории Natera (Сан-Карлос, США).
Отправленный на исследование блок возвращаться из США не будет
Как пройти исследование?
Материал для исследования: парафиновые блоки со стеклами (образец опухоли). Венозная кровь, не менее 6 мл ( ВАЖНО! необходима 1 пробирка с ЭДТА K2 (К3 не принимается), не делить на 2 пробирки). Венозная кровь 20 мл в двух пробирках Streck.
Кровь берется в специальные пробирки из набора Signatera.
Хранение и транспортировка образца должны осуществляться при температуре не выше +25С (не хранить в холодильнике, не замораживать!). Кровь для анализа может быть взята у пациента непосредственно в лаборатории. Желательно предоставить гистологическое заключение.
* на первом этапе достаточно выполнения теста под кодом 1631, которое включает и изготовление тест системы и анализ плазмы крови. Пациент получит заключение о наличии или отсутствии циркулирующей опухолевой ДНК в крови уже после этого этапа.